พระศพของสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอลที่ 2 ในหีบพระศพจากต้นสนไซเปรสอันเรียบง่ายถูกเคลื่อนออกจากมหาวิหารนักบุญเปโตรในนครรัฐวาติกัน เพื่อประกอบพิธีฝัง โดยมีบรรดาผู้นำโลกและผู้นำศาสนากว่า 200 คน มาร่วมไว้อาลัย เมื่อเวลา 15.00 น. ของวันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2548 ขณะที่คริสต์ศาสนิกชนทั่วโลกร่วมรำลึกถึงประมุขแห่งคริสตจักรโรมันคาทอลิกเป็นครั้งสุดท้ายผ่านจอโทรทัศน์ คณะบาทหลวงแห่งวาติกันเริ่มเคลื่อนพระศพของสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอลที่ 2 ออกจากมหาวิหารบุญเปโตร เมื่อเวลา 10:00 น. ตามเวลาท้องถิ่น หรือเวลา 15:00 น. ตามเวลาประเทศไทย เพื่อประกอบพิธีทางศาสนา ท่ามกลางแขกคนสำคัญและผู้ศรัทธาจากทั่วโลกมาร่วมพิธี ณ จัตุรัสนักบุญเปโตรเมื่อเสียงระฆังดังขึ้น หีบไม้ภายในบรรจุพระศพถูกเคลื่อนออกมาจากมหาวิหารนักบุญเปโตร โดยเจ้าหน้าที่ของวาติกัน 12 คนซึ่งได้ตั้งหีบศพลงบนพรมหน้าแท่นบูชาที่คลุมด้วยผ้าสีดำและทอง จากนั้นพระคาร์ดินัลโยเซฟ รัทซิงเงอร์ก็เริ่มทำพิธีมิสซา ขณะที่ฝูงชนเริ่มคร่ำครวญด้วยความสลด บ้างก็เริ่มการอธิษฐาน ท่ามกลางเสียงดนตรีคลอเคล้า บุคคลสำคัญจากทั่วโลกกว่า 200 คน ทั้งพระมหากษัตริย์ ผู้นำทางการเมืองและทางศาสนา อาทิ สมเด็จพระราชาธิบดีอัลแบร์ที่ 2 แห่งเบลเยียม และ สมเด็จพระราชินีเปาลาแห่งเบลเยียม สมเด็จพระราชินีนาถมาร์เกรเธอที่ 2 แห่งเดนมาร์ก และ เจ้าชายเฮนริกแห่งเดนมาร์ก พระราชสวามี เจ้าชายชาลส์ เจ้าชายแห่งเวลส์ สมเด็จพระราชาธิบดีควน การ์โลส และสมเด็จพระราชินีโซเฟียแห่งสเปน นายซิลวีโอ แบร์ลุสโกนี นายกรัฐมนตรีอิตาลี นายจอร์จ ดับเบิลยู บุช ประธานาธิบดีสหรัฐอเมริกา นายโทนี แบลร์ นายกรัฐมนตรีสหราชอาณาจักร นายฌัก ชีรัก ประธานาธิบดีฝรั่งเศส รวมทั้งโคฟี อันนัน เลขาธิการสหประชาชาติ และเหล่าผู้นำชาติอาหรับเดินทางมาร่วมพิธีกันอย่างคับคั่ง โดยรวมกันอยู่ในที่นั่งด้านซ้ายของปะรำพิธี ตรงข้ามกับที่นั่งของบรรดาพระคาร์ดินัลแห่งวาติกัน ขณะที่ผู้แสวงบุญคาดว่ามีนับ 2 ล้านคนเบียดเสียดกันอยู่ในลานของจัตุรัสเซนต์ปีเตอร์ทั้งนี้ คาดว่ามีผู้ศรัทธาอีกหลายล้านในทั่วโลกกำลังเฝ้าชมพิธีดังกล่าวผ่านการถ่ายทอดสดจากจอโทรทัศน์ตามขนบธรรมเนียมของวาติกัน ภายหลังพิธีมิสซาสิ้นสุดลง หีบพระศพของพระสันตะปาปาจะถูกนำไปใส่หีบเคลือบสังกะสี ก่อนจะบรรจุลงในหีบไม้โอ๊คและนำไปฝังลงภายใต้แท่นหินอ่อนภายในสุสานใต้ดินในมหาวิหารนักบุญเปโตร